第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
被困的殖民者在新卡布里卡的赛昂人残酷统治下挣扎求生，但当卡拉狄加返回拯救人类时，这支羽翼未丰的舰队重新开始搜寻地球。赛昂人在失去对新卡布里卡的控制后，便踏上了前往地球的神秘旅程。
